昆明市第三人民医院按业务性质划分为传染病区及综合病区。传染病区按归口管理原则和严格的消毒隔离制度分为9个科室，感染性疾病科、肝病一科、肝病二科、肝病三科、结核病一科、结核病二科，长坡院区结核病内科、结核病外科。综合病区设有内一科、内二科、外科、手术室、妇产科、儿科、急诊科、ICU、关怀科、慢性阻塞肺疾病康复治疗中心等科室。本着服务于传染科，服务于周边居民的原则，综合科近年来得到了快速的发展，逐渐创造出自己的特色。

医院拥有一批省市知名专家，全方位收治各种常见病、疑难病，特别是在传染病的诊断、治疗上具有较高水平。肝病科、结核病科、艾滋病科为昆明市级医学重点学科。医院有5个市级医疗卫生技术中心：昆明市艾滋病临床诊疗中心、昆明传染病临床检测中心、昆明市人工肝治疗中心、昆明慢性阻塞性肺病康复治疗中心、昆明市姑息治疗（临终关怀）中心。