1、设立的不同：

国立大学和公立大学：日本国家政府直接设置的大学，由国家全额出资建立。

私立大学：主要由民间资本所维持经营的大学，一般是指由非地方或者中央政府投资，全部或者部分的依靠学生的学费来维持大学的经营而非公共资金，而且校方有权自主选择生源的大学。

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2、侧重性不同：

国立大学和公立大学：国公立大学多为研究性大学；

私立大学：私立大学研究性方面因资金问题普遍不如国公立大学，多侧重于社会实践。

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3、学费优惠等不同：

日本国公立大学都设有大学院（研究生院），开设硕士、博士课程。就读日本国立大学大学院的学生持有留学签证，申请奖学金、享受医疗保险、就业、交通费折扣等方面较私立大学拥有更多的报销政策和优惠补贴。

参考资料：

百度百科-日本国立大学